Algunos usuarios reportaron que Project X ha sido retirado de la eShop de Nintendo 3DS. Según los informes, el título ya no es posible descargarlo desde su página oficial porque el botón de descarga se ha retirado; sin embargo, aún es posible reinstalarlo si lo compramos anteriormente.
Al parecer, esta situación no se dió únicamente en América, ya que en Europa reportam lo mismo. Por el momento, se desconoce la causa de este hecho y ninguna de las compañías involucradas ha comentado del caso.