Es uno de los pocos títulos donde Link repite su papel.

Nintendo ha revelado cuál es la ubicación temporal del nuevo The Legend of Zelda: Tri Force Heroes en la cronología oficial de la franquicia. Esta duda de la línea temporal ya había sido revelada por Nintendo en el libro Hyrule Historia y ahora podemos añadir otro título a ella.

Según una respuesta oficial de los desarrolladores de Tri Force Heroes, este juego tiene una característica que no aparece muy amenudo, ya que el Link protagonista de este juego nos había acompañado en otra aventura previa. La historia del juego se sitúa pocos años después de The Legend of Zelda: A Link Between Worlds y se trata del mismo héroe, pero oculta su identidad al mundo:

«El juego tiene lugar varios años después de A Link Between Worlds y cuenta con el mismo héroe. Ciertos eventos lo han llevado al Reino de Pasarelia, en donde se viste como lo hace con la finalidad de ocultar sus orígenes heroicos. No se conoce de dónde vienen los otros candidatos a héroe, pero el personaje que controla el jugador es el verdadero héroe de Hyrule de A Link Between Worlds. Si no están familiarizados con lo que sucede en A Link Between Worlds, definitivamente les recomiendo que lo jueguen.» comentaron los desarrolladores de The Legend of Zelda: Tri Force Heroes

En esta serie la historia suele ser cíclica, por lo cual los héroes y villanos siempre son diferentes. Sin embargo, en este caso estamos en otro reino y parece que quisieron continuar el concepto como ocurrió en The Legend of Zelda: Majora’s Mask.